Gene Swatter siRNA
高精度な配列設計ソフトウエアと高純度なsiRNAのコンビネーション
siRNAの設計は、RNAi実験を行う上で非常に重要な要素の一つとなっています。
ニッポン イージーティーでは高度なアルゴリズムにより標的遺伝子に対するsiRNAの配列をデザインし、2本のPAGEグレードsiRNAの合成行い、うちいずれか1本がmRNAレベルで70%の抑制を示すことを保証した"Gene Swatter siRNA"をご提供いたします*1。
ご提供したsiRNAがいずれもmRNAレベルで70%以上の抑制を示さなかった場合は無償で再デザイン·再合成を行います*2 *3。もちろん、デザインしたsiRNAの配列情報は全てお知らせいたします。
*1 : 標的遺伝子の配列によっては、mRNAレベルで70%の抑制を示す配列をデザインすることが出来ない場合があります。この場合、詳細をご報告してご相談させて頂きます。
*2 : 納品後、3ヶ月以内にご使用頂いたsiRNAが対象となります。
*3 : 再デザイン・再合成を行う場合には、以下のデータをご提供頂き、弊社にて検討をさせて頂きます。
a) 発現効率を示すReal-Time PCRまたはノーザンブロッティングなどのデータ
b) コントロールsiRNAなどを用いたトランスフェクション効率についてのデータ
c) その他、こちらより必要と思われるデータについてお伺いする場合があります。
Gene Swatter siRNAデザイン法
配列設計には、三菱スペース・ソフトウェア株式会社との提携により、siRNA配列設計専用ソフト「siSNIPER」を使用します。「siSNIPER」では、siRNAを5つの指標でスコア化し、それらを総合することによって高精度な遺伝子抑制効果の予測を実現しています。「siSNIPER」についてはこちらをご覧下さい。
| Profile Score |
活性のあったsiRNAに共通する配列の特徴を表すプロファイルを利用します。 |
| Load Score |
siRNA内部のエネルギー安定性により生じる偏りを利用します。 |
| GC Score |
実験データから得られたsiRNAのGC含有率と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
| Position Score |
ターゲットのmRNA中での位置と活性の高さとの関係によりスコア化します。 |
| Specificity Score |
ゲノム中での配列の特異性をスコア化して、Off-target effectを回避します。 |
基本デザインサービス·仕様
| 合成鎖長 |
21 bases |
| 形状 |
凍結乾燥·アニーリング済み |
| 保証収量*1 |
各6 O.D.(2 O.D.×3*2) |
| 添付バッファー |
各RNase free water×1 ml |
| 納期*3 |
12営業日 |
| 希望納入価格 |
102,000円 |
*1 : 保証収量以上収量が得られた場合は、キャップの色が異なるチューブに入れて全量納品します。
*2 : 2 O.D.は約4.3 nmolに相当します。
*3 : 受注日を「0」とした場合の出荷日
ご注文方法
「Gene Swatter siRNAご注文フォーム」に必要事項をご記入の上ご依頼ください。
>>Gene Swatter siRNAご注文フォーム
オプションサービス
その他、ご要望に応じたオプションサービスも用意しておりますので、お気軽にご相談下さい。
[オプション例]
- 遺伝子ファミリー内の特異的ノックダウン(ファミリー内のoff-targetの排除)
- 遺伝子ファミリー内の共通配列の選択(ファミリー内のノックダウン)
- 中程度の抑制(50%程度の抑制)の選択
等
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