LNA®とは？
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| DNA B helix Poor stacking Low stability |
LNA®(or RNA) A helix Good stacking High stability |
LNA®とは、糖−リン酸骨格においてリボースの２'位の酸素原子と４'位の炭素原子間がメチレン架橋された構造を持ったRNAアナログです。 LNA®を含むオリゴがDNAとアニールすると二本鎖のコンフォメーションが変化します。
3 ヌクレオチドごとにLNA®を含むオリゴはダブルへリックスをB構造からA構造へ変化させます。これにより二本鎖のスタッキングがよくなり安定性が上昇します。したがって、SNP検出、発現プロファイリング、やin situ ハイブリダイゼーションのような高い特異性が要求される技術に新しい展開が期待できます。
LNA®の長所（ Tm 値の上昇）
オリゴ配列に LNA®を導入することにより、二本鎖の安定性が上がり Tm 値が上昇します。この特長によってプロ ーブの長さを短くしたり、特異性を高めたりすることが可能になります。
二本鎖のどちらか一方の鎖に LNA®、RNA 、PNA を含むオリゴと、DNA または RNA が二本鎖を形成した場合の平均的な Tm 値の上昇は以下の通りです。
| LNA® | RNA | PNA | |
| Tm increase / monomer against DNA ( ℃ ) | 2〜6 | -0.5 〜 0.5 | 0.5 〜 2 |
|---|---|---|---|
| Tm increase / monomer against RNA ( ℃ ) | 3〜8 | 1 〜 1.5 | 0.5 〜 2 |
また、LNA®はリアルタイムPCRで用いるプライマー・プローブのバックボーンと完全に互換性を有します。DNA Double-Dye Probe と比較して、 LNA®を含む Double-Dye Probe には多くの利点があります。
- ・相補的な DNA や RNA に対する、高い熱安定性を示します。
- ・LNA®ヌクレオチドは、より多くのミスマッチを識別します。
- ・LNA®オリゴは、高い結合親和性を持つので、プローブの長さを短くすることができます。
- ・高い特異性と再現性が得られます。
- ・LNA®を導入することによって、プライマーやプローブの Tm 値を調節することができます。
プライマー･プローブのDNA塩基をLNA®で置換することによって、同じTm値を維持しながらプローブの長さを短くできるので、 Double-Dye Probe のクエンチング効果と結合の特異性の両方を高め、 S/N 比を上げることが可能となります。
LNA®合成サービス
(１)製品仕様
ニッポンイージーティーの LNA®合成
ニッポンイージーティーでは、 LNA®合成を承っております。合成された LNA®オリゴは、脱塩、脱保護されて MALDI-TOF 質量分析にて品質管理しております。ご希望により HPLC 精製を行います。
| 修飾 | 合成スケール | 希望納入価格 *注1 | 納品形態 | 納期 *注2 | 保証収量 |
| LNA修飾(5', 3', internal 1〜19残基)脱塩 | 0.2 μmol | 2,800 円× LNA®数 (mer)＋ 200 円× DNA 数 (mer) | 乾燥品 | 4 営業日 | 4 O.D. |
|---|---|---|---|---|---|
| HPLC 精製 | − | 5,000 円 ／精製 | − | 6 営業日 | 2 O.D. |
*注1：希望納入価格には、消費税は含まれておりません。
*注2：納期は受注日を 0 とした場合の発送日になります。
Eurogentecの修飾LNA®合成
LNA®オリゴは、アミノリンカー、ビオチン、蛍光色素で修飾することができます。 EUROGENTEC では次の修飾 LNA®の合成も行っております。ご照会ください。
3'DABCYL , 3'Phosphate , 3'TAMRA , 3'C6 Amine, 3'Biotine-TEG
こちらから、ユーロジェンテックの豊富なLNA®オリゴヌクレオチドラインアップをご覧ください。
ニッポンイージーティーの LNA®Double-Dye Probe
ニッポンイージーティーでは、 LNA®を内部に含む Double-Dye Probe の合成を承っております。全ての製品について HPLC 精製を行い、品質管理として MALDI-TOF MS 、分析用 HPLC にて鎖長、蛍光色素のカップリングを確認いたします。製品には分析用 HPLC チャートを添付します。
また、LNA®導入ダブルダイプローブとプライマーペアの設計も承っております。どうぞご利用ください。
| LNA®Double-Dye Probe(FAM / TAMRA) | LNA®Double-Dye Probe(FAM / Eclipse®Dark Quencher) | |
| 合成鎖長（LNA®含む） | 15 − 35mer | 15 − 35mer |
|---|---|---|
| 修飾 ( 5' / 3' ) | FAM / TAMRA | FAM / Eclipse®Dark Quencher |
| 合成スケール | 0.2 μ mol | 0.2 μ mol |
| 精製 | HPLC 精製 | HPLC 精製 |
| 希望納入価格 *注1 | 34,000 円＋ 2,800 円× LNA®導入数 | 36,000 円＋ 2,800 円× LNA®導入数 |
| 納品形態 | 乾燥品 | 乾燥品 |
| 納期 *注2 | 7 営業日 | 7 営業日 |
| 保証収量 | 10 nmol ( 約 3 O.D.) | 10 nmol ( 約 3 O.D.) |
*注1：希望納入価格には、消費税は含まれておりません。
*注2：納期は受注日を 0 とした場合の発送日になります。
(２)ご注文方法と納期
LNA®製品、およびデザインサービスのご注文は、注文フォームダウンロードページにて専用発注フォーム（ Excel書類）をダウンロードし、必要事項をご記入の上、 e-mail にて order@n-egt.com までお送りください。1度のご注文本数が48本以上の場合はお問い合わせください。
営業、出荷は原則として月曜から金曜まで行っております。祝祭日、年末年始、夏期休業の場合は納期が変更になります。ご不明な点がありましたら、お問い合わせください。
| 修飾 | 納期 *注1 |
| LNA®･脱塩 | 4 営業日 |
|---|---|
| LNA®･HPLC 精製 | 6 営業日 |
| LNA®Double-Dye Probe(FAM-TAMRA) | 7 営業日 |
| LNA®Double-Dye Probe(FAM-Eclipse®Dark Quencher) | 7 営業日 |
*注1：納期は受注日を 0 とした場合の発送日になります。
(３)発送について
発送は室温で行います。室温で1週間は安定ですが、お手元に届き次第、凍結保存して下さい、Double-Dye Probeの蛍光色素は光によって劣化する恐れがありますので、遮光して保管してください。
(４)License statements
ニッポンイージーティーおよびEurogentecのLNA®オリゴヌクレオチドはExiqon A/Sより研究目的での利用に関する特許ライセンスを受けて製造しております。
LNA® oligonucleotides produced under license from Exiqon A/S for research use only. Not for resale or for therapeutic use or use in humans.